Werner Wnendt est né en 1952 à Gelsenkirchen en Allemagne de l’Ouest. Il étudie le droit et la géoscience à l’Université de Bochum et y obtient une maîtrise en géologie en 1979. Il travaille en tant que chercheur pour l’Institut allemand de géosciences et des ressources naturelles avant de faire son entrée au Service allemand des Affaires étrangères en 1980.

En 1982, M. Wnendt est affecté au poste de second secrétaire à l’ambassade d’Allemagne à Nairobi, au Kenya, et il est membre de la délégation allemande à l’occasion de la conférence annuelle du Programme des Nations Unies pour l’environnement. De 1982 à 1985, M. Wnendt occupe le poste de premier secrétaire à l’ambassade d’Allemagne à Islamabad, au Pakistan. Il y est notamment responsable du programme d’aide aux réfugiés afghans. Il est par la suite affecté à la division de la planification européenne du Bureau fédéral des Affaires étrangères, à Bonn, où il travaille sur la politique d’intégration européenne.

De 1989 à 1991, M. Wnendt est adjoint au chef de mission du consulat général d’Allemage à Miami. De 1991 à 1995, il est porte-parole de la représentation permanente de l’Allemagne à l’Union européenne, à Bruxelles, et il siège au groupe de travail sur le processus de paix en Yougoslavie. De retour au Bureau fédéral des Affaires étrangères en 1995, M. Wnendt occupe le poste de chef de cabinet du ministre d’État Werner Hoyer, puis il est muté en 1998 à l’ambassade d’Allemagne à Prague, où il agit à titre d’adjoint au chef de mission jusqu’en 2000.

En 2000, M. Wnendt se voit confier le poste de directeur adjoint de la division des Affaires étrangères au sein du bureau du Président fédéral allemand à Berlin, où il travaille notamment sur la question de l’intégration avec l’Union européenne de certains pays de la Communauté des États indépendants. De 2003 à 2005, il est haut-représentant adjoint de la communauté internationale en Bosnie-Herzégovine, puis il dirige la mission de l’Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe (OSCE) au Kosovo de 2005 à 2007.

M. Wnendt occupe par la suite le poste de sous-ministre associé pour la culture et les communications au Bureau fédéral des Affaires étrangères à Berlin, avant d’être nommé ambassadeur de la République fédérale d’Allemagne au Canada en septembre 2012.