Marie-France Paquet entame son parcours professionnel en 2000 comme professeure adjointe à la Telfer School of Management de l’Université d’Ottawa. En 2003, elle rejoint le ministère des Finances du Canada où elle occupe la fonction de chef des relations commerciales générales. En 2010, elle est nommée directrice des opérations du Secrétariat des politiques de développement régional et économique du bureau du Conseil privé. Elle rejoint, en 2013, le ministère des Transports du Canada à titre de directrice générale, sûreté du transport terrestre et intermodal. C’est en septembre 2017 qu’elle devient économiste en chef d’Affaires mondiales Canada.