Emmanuel Faber est diplômé de HEC Paris en administration des affaires. Il débute sa carrière comme consultant chez Bain & Co avant de se joindre à la banque Baring Brothers. En 1993, il rejoint Legris Industries comme directeur administratif et financier avant d’être promu directeur général.
C’est en 1997 qu’il rejoint Danone, où il occupera des postes à responsabilités croissantes au cours de ses 24 années au sein de l’entreprise. À son arrivée en 1997, il est chef des finances, de la stratégie et des technologies de l’information. Il est ensuite vice-président exécutif pour la région Asie-Pacifique. En 2008, il est nommé directeur général adjoint et en 2011, il se voit également confier la vice-présidence du conseil d’administration. C’est en 2014 qu’il est nommé président de l’entreprise, dont il devient président et chef de la direction en 2017. Suite à son départ en 2021, il devient associé chez Astanor Ventures. C’est en décembre 2021 qu’il est nommé premier président du Conseil des normes internationales d’information sur la durabilité.