Natif de Paris, Emmanuel Hoog étudie à l’Institut d’études politiques de Paris (Sciences Po) avant d’intégrer l’École nationale d’administration en 1986.
M. Hoog entame sa carrière au ministère de la Culture et de la communication en tant que chef du bureau des affaires budgétaires et financières. En 1992, il se voit confier la mission, à titre de rapporteur adjoint, de créer un institut international de l’Histoire des arts de Paris. La même année, il occupe le poste d’administrateur du théâtre de l’Odéon.
Après un court passage à Milan, où il est nommé directeur délégué du Piccolo Teatro par Jack Lang, alors directeur général, M. Hoog est de retour en France et agit à titre de conseiller du président de l’Assemblée nationale, Laurent Fabius, de 1997 à 2000. Il demeure au sein de l’équipe de M. Fabius au Ministère de l’Économie, des Finances et de l’Industrie, où il s’occupe des questions de culture, d’audiovisuel et de presse jusqu’en 2001. En 1999, parallèlement à ses fonctions de conseiller technique, il lance aux côtés de Jack Lang, maire de Blois et député du Loir-et-Cher, le Printemps des Poètes, dont il animera les trois premières éditions.
En février 2001, M. Hoog devient Président-directeur général de l’Institut National de l’Audiovisuel (INA). Il fait prendre à l’institution le virage numérique et conduit l’ouverture des archives au grand public à travers son site internet. Il assume parallèlement la présidence de la Fédération internationale des archives de télévision (FIAT) de 2002 à 2006. Cette même année, son mandat à la tête de l’INA est renouvelé pour cinq ans. C’est en avril 2010 qu’Emmanuel Hoog est élu Président-directeur général de l’Agence France-Presse (AFP) par les administrateurs de celle-ci.
M. Hoog est Chevalier de l’Ordre de la Légion d’honneur, Officier de l’Ordre des Arts et des Lettres et Chevalier de l’Ordre national du Mérite.